J'utilise Eclipse avec une machine virtuelle 64 bits. Cependant, je dois utiliser Java 1.5, car avec Java 1.6, même 1.6.0_10ea, Eclipse s'est écrasé lors de la modification du fichier .classpath. Sous Linux, j'ai eu les mêmes problèmes et je n'ai pu faire fonctionner l'Eclipse 64 bits qu'avec Java 1.5 64 bits.
Le problème semble être avec la compilation juste à temps, car avec vmparam -Xint eclipse fonctionne -- mais ce n'est pas une solution, car c'est alors lent.
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Avec 1.6.0_11, cela semble fonctionner.
1.6_10 final pourrait fonctionner aussi bien que mentionné dans le commentaire, mais je ne l'ai pas testé.