Le déploiement de votre propre solution PHP fonctionnera certainement bien que je ne sois pas sûr qu'il existe un bon moyen de dupliquer automatiquement le schéma d'une base de données à l'autre (c'était peut-être votre question).
Si vous ne faites que copier des données et/ou si vous avez de toute façon besoin d'un code personnalisé pour convertir les schémas modifiés entre les deux bases de données, je vous recommande d'utiliser PHP 5.2 et les bibliothèques PDO. Vous pourrez vous connecter en utilisant PDO ODBC (et utiliser les pilotes MSSQL). J'ai eu beaucoup de problèmes pour obtenir de grands champs de texte et des caractères multi-octets de MSSQL vers PHP en utilisant d'autres bibliothèques.