Le registre est optimisé pour un accès rapide et une mise à jour facile, et c'est le seul moyen de faire certaines choses spécifiques à Windows comme l'association à une extension. Et vous pouvez ignorer l'argument concernant la suppression d'un seul répertoire pour désinstaller votre programme - Windows Vista ne vous permettra pas de modifier les fichiers dans le répertoire Program Files, donc votre configuration devra de toute façon aller dans un dossier différent.
Il existe une directive générale pour la programmation Windows : faites les choses comme Microsoft s'y attend, et votre vie sera beaucoup plus facile.
Cela dit, je peux voir l'attrait du dossier INI, et je ne reprocherais à personne de l'examiner.